معلومة

هل هناك مورد يحتوي على بيانات كمية حول بروتينات الخلية؟

هل هناك مورد يحتوي على بيانات كمية حول بروتينات الخلية؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

أنا طالب ماجستير أعمل في علم الأحياء الرياضي. في رسالتي ، أقوم بنمذجة انتشار بروتين يمكنه الارتباط بمستقبلات سطح الخلية. من أجل محاكاة هذا ، أحتاج إلى بعض الأرقام التقريبية حول معدلات الربط ومعدلات التحلل ومعدلات الانتشار وما إلى ذلك للمكونات المشاركة في هذا النظام. لقد تمكنت من العثور على بعض المعلومات حول هذه الأشياء ، لكنها جاءت جميعها من قراءة الأوراق - أوراق علم الأحياء حيث بالكاد أمتلك المعرفة الكافية لفهم المفاهيم الأساسية و (دعنا نواجه الحقائق) بالكاد امتلك الصبر لقراءتها.

هل هناك طريقة أفضل للعثور على هذه البيانات الكمية؟ من الناحية المثالية ، أود العثور على قاعدة بيانات بها هذا النوع من البيانات ، لكنني لا أحبس أنفاسي.

ما الأساليب التي يستخدمها الأشخاص في موقعي للعثور على هذا النوع من المعلومات؟ (بخلاف البحث في أوراق علم الأحياء الكثيفة للغاية)


سأدرج الأوراق التي حصلت منها على هذه المعلمات. تعد BioNumbers مصدرًا مفيدًا للغاية وقد تم الحصول على بعض هذه الأوراق التي أوردها من المرجع المذكور في BioNumbers. لذا يجب أن تكون الأرقام البيولوجية هي المكان الأول للبحث عن أشياء مثل هذه. إذا لم تكن راضيًا ، فابدأ في البحث على Google :)

ومع ذلك ، يجب أن تضع في اعتبارك أن المحاكاة باستخدام المعلمات الدقيقة قد لا تكون مفيدة للغاية. يمكنك محاولة تغيير المعلمات في نطاق معين ومشاهدة التأثيرات. تختلف بعض المعلمات كثيرًا في الواقع.

  1. معدل ترجمة البروتين: 11 حمض أميني في الثانية. افترض بعض تركيز الحالة المستقرة للـ mRNA. هذه المعلمة متغيرة للغاية حيث يمكن أن يكون هناك عدة ريبوسومات لكل مرنا [1]. انظر أيضًا Schwanhäusser et al. (ورقة إكسل تكميلية) [2]
  2. معدل تحلل البروتين: خذ متوسطًا أو واحدًا من القيم التي أبلغ عنها Schwanhäusser et al. (2011) [2]
  3. معدلات الارتباط / التفكك: انظر الجدول الموضح بواسطة Zhou (2003). يسرد التفاعلات المعروفة المختلفة.[3]
  4. انتشار البروتين: يختلف هذا عن السيتوبلازم والماء. يمكنك افتراض أن الانتشار في ECF هو نفسه الموجود في الماء. انظر Arrio-Dupont et al. (2000) [4]. أبلغوا عنها لبروتينات معينة. يمكنك استقراء البروتينات الأخرى باستخدام علاقة ستوك-أينشتاين التي تقول أن الانتشار يتناقص عكسيًا مع نصف قطر الجسيم.

[1] Siwiak و Marlena و Piotr Zielenkiewicz. "خدمة ويب التخليق الحيوي للبروتين العابر." بلوس واحد 8.9 (2013): e73943.

[2] شوانهوسر ، بيورن ، وآخرون. "القياس الكمي العالمي للتحكم في التعبير الجيني للثدييات." طبيعة سجية 473.7347 (2011): 337-342.

[3] تشو ، هوان ‐ شيانغ. "حركية الارتباط والتفكك للكوليسين E3 وبروتين المناعة 3: تقارب النظرية والتجربة." علم البروتين 12.10 (2003): 2379-2382.

[4] أريو دوبونت ومارتين وآخرون. "الانتشار الانتقالي للبروتينات الكروية في سيتوبلازم خلايا العضلات المستزرعة." مجلة بيوفيزيائية 78.2 (2000): 901-907.


شاهد الفيديو: كيف أعرف الفرق بين البيانات الكمية والبيانات النوعية (كانون الثاني 2023).