معلومة

MRNA تسلسل Basepair من موقع Polyadenylation؟

MRNA تسلسل Basepair من موقع Polyadenylation؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

كنت أتساءل عن عدد الأزواج الأساسية التي يتم تسلسلها عادةً باستخدام طرق mRNA / cDNA illumina من المنبع في موقع polyedenlation؟ شكرا.


يمكن تحقيق 50-75 نقطة أساس.

تحديث دليل TruSeq® RNA Sample Preparation v2. استخدم مختبري بادئات عشوائية وكانت أطوال القراءة بمتوسط ​​75 نقطة أساس لمشروع تسلسل الحمض النووي الريبي. لكن التحكم في المسافة من polyA لم يؤخذ في الاعتبار في المشروع الخارجي.

باستخدام بادئات oglio (dT) ، يمكنك محاولة التحكم في طول معين من ذيل polyA. يستخدم نوعان أساسيان إما البادئات العشوائية أو البادئات oligo (dT) لهذا التفاعل. البادئات Oligo (dT) متحيزة بدرجة عالية بمقدار 3 بوصات ومناسبة في الغالب لتحليل وفرة (التعبير) mRNA. ينتج عن البادئات العشوائية أيضًا بعض التحيز ، والذي يمكن تقليله عن طريق تجزئة إدخال الحمض النووي الريبي.

مصدر: مجموعة طرق تسلسل الحمض النووي الريبي - Illumina ، صفحة 8.

يمكن أيضًا تحقيق أطوال مختلفة لاحتياجات مختلفة. التعبير الجيني / التنميط عن الحمض النووي الريبي - يتطلب تحديد نسخة الترميز عادةً قراءة واحدة قصيرة (غالبًا 50-75 نقطة أساس) لتقليل القراءة عبر تقاطعات الوصلات أثناء حساب جميع الحمض النووي الريبي في المجموعة.

تحليل النسخ - تميل مشاريع تجميع النسخ الجديدة والتعليقات التوضيحية إلى الاستفادة من القراءات الأطول والمزدوجة النهاية (مثل 2 × 75 نقطة أساس) لتمكين تغطية أكثر اكتمالاً للنصوص وتحديد المتغيرات الجديدة أو مواقع لصق. مطلوب قراءات نهائية مقترنة للحصول على معلومات من نهايتي 5 'و 3' لأنواع RNA مع مجموعات إعداد مكتبة RNA-Seq التي تقطعت بها السبل.

تحليل الحمض النووي الريبي الصغير - نظرًا لقصر طول الحمض النووي الريبي الصغير ، فإن قراءة واحدة (عادةً قراءة 50 نقطة أساس) تغطي التسلسل بأكمله. يتسلسل طول القراءة البالغ 50 نقطة أساس لمعظم RNAs الصغيرة ، بالإضافة إلى ما يكفي من المحول ليتم تحديده بدقة وقصه أثناء تحليل البيانات.

مصدر: Illumina (اعتبارات لـ RNA-Seq طول القراءة والتغطية)


شاهد الفيديو: Lecture 15 Polyadenylation (شهر نوفمبر 2022).