التكلفة المقارنة لـ RNA-seq مقابل التسلسل الكامل الطول cDNAs

We are searching data for your request:

Forums and discussions:

Manuals and reference books:

Data from registers:

Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

أنا بصدد تجميع وتعليق جينوم كائن غير نموذجي ، باستخدام بيانات قراءة قصيرة حصرية تقريبًا (مقترنة بنهاية Illumina). الإنتاجية هي إحدى الفوائد الواضحة لهذه البيانات (تغطية عالية بتكلفة معقولة ، على الرغم من معدلات الخطأ) ، ولكن هناك فائدة أخرى لبيانات RNA-seq على وجه الخصوص وهي أنه يمكن استخدامها بطرق متعددة. على سبيل المثال ، أقوم برسم خرائط تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq) إلى الجينوم لتقدير وفرة النسخ وإجراء بعض تحليل التعبير التفاضلي ، لكنني قمت أيضًا بتجميع قراءات RNA-seq من جديد لاستخدامها كدليل على شرح الجينوم.

ومع ذلك ، هناك قيود على استخدام النصوص المشتقة من RNA-seq للتعليق التوضيحي. من شأن cDNAs كاملة الطول أن تسهل شرحًا أكثر موثوقية. ومع ذلك ، ليس لدي أي حدس للتكلفة النسبية أو الالتزام الزمني أو تعقيد استخراج وتسلسل cDNAs كاملة الطول مقابل تسلسل الجيل التالي. يمكن لأي شخص هنا التعليق على هذا؟